Семинар, посвященный практике по графовым нейронным сетям, можно посмотреть на youtube:
Вначале еще раз разбираем теоретическую часть вопроса. Затем смотрим простой пример на numpy. Затем проходим то же самое еще раз, но уже с pytorch. В заключение разбираем пример с pytorch geometric. Репозиторий с кодом размещен тут.